
Dans ce cas, la déductibilité de la TVA ne devrait pas être contestée dès lors que la refacturation constitue en principe une opération elle-même soumise à la TVA.
Toutefois, une décision de la Cour Administrative d'appel de Versailles (CAA Versailles 31 décembre 2015 n°15VE00304, 7ème ch., Sté Lagardère SCA) a jeté un trouble en indiquant que la refacturation de frais constitue une opération soumise à la TVA seulement si la holding a développé des activités économiques (consistant par exemple dans l’octroi de prêts à ses filiales et dans la concession de l’exploitation de marques commerciales lui appartenant) auprès des sociétés dans lesquelles les participations ont été prises par ses filiales.
Ainsi, il est considéré que la refacturation de frais ne constitue pas, en tant que telle, une activité économique sauf à ce que la holding rende également des prestations de services effectives aux filiales acquises.
Le Conseil d'État a ainsi jugé (CE, 13 décembre 2017, n°397580, Sté Lagardère SCA) que (i) les refacturations des frais aux filiales constituent la rémunération d'une activité économique occasionnelle et (ii) qu'une personne assujettie à la TVA pour une activité économique exercée de manière permanente (ex. prestations de services) doit être considérée comme assujettie pour toute autre activité économique exercée de manière occasionnelle (comme la refacturation de frais).
Néanmoins, toute refacturation ne sera pas forcément analysée comme une opération taxable comme, par exemple, lorsque l'intervention de la holding est artificielle ou dépourvue de sens. Cette solution semble d'ailleurs avoir été également adoptée par la Cour Administrative d'Appel de Lyon dans un arrêt du 23 avril 2019 (n°17LY04235).
La seconde hypothèse vise le cas où la holding ne refacture pas les frais d’acquisition. On a vu que les dépenses exposées par une holding pour acquérir des titres d’une société à qui vont être rendus des services constituent des frais généraux permettant d’obtenir une récupération de la TVA. L’acquisition des titres s’inscrit alors dans une perspective de développement de l’activité de la holding puisque cela va lui permettre de rendre des prestations de services.
C’est sur cette base que le Conseil d’État (CE, 24 juin 2013, n°350588, Sté Air Liquide) a reconnu la déductibilité de la TVA ayant grevé les frais de conseil afférents à une prise de participation effectuée par une filiale de la holding. La TVA afférente à de tels frais est déductible si la holding s'immisce dans la gestion de ses sous-filiales et que la holding doit être la seule à effectuer de tels services.
Le caractère déductible de la charge exposée par la holding pour la détermination de son résultat fiscal peut également se poser sachant que ces frais ne pourront être vus comme des frais d’acquisition puisqu'ils ne figurent pas au bilan de la holding.